Cioè vuoi dire che non si apre il programma ?
Magari non si è installato bene o non è proprio compatibile con Linux ?
Purtroppo da questo punto di vista non ti posso aiutare, ho installato Ubuntu ma in pratica non mi sono ancora addentrato nel suo uso, quindi sono ancora un perfetto ignorante in materia...
Per quanto riguarda il downloader, una volta aperto basta che clicchi su "Aggiungi links", si apre una finestrella vuota dove compariranno automaticamente i links che copierai (anche tutti insieme) ; a quel punto dai OK e poi "Inizia il download".
A me è andato liscio come l'olio.
Il JDownloader lo avevo usato per scaricare la mappa 2010-1, perchè il sito inglese dove l'ho trovato diceva di fare così, infatti ne avevo parlato anche nel topic che ho aperto ; poi ho disinstallato l'applicazione ritenendola non più utile, a quanto pare non mi sono accorto delle sue potenzialità, lo reinstallo subito !